จากการดำเนินงานของ โครงการโรคเอดส์ มาอย่างต่อเนื่องจนมีผลงานเป็นที่ประจักษ์ทั้งในประเทศและต่างประเทศ สภากาชาดไทย จึงมีมติให้ปรับสถานะของ “โครงการ” เดิมเป็นงานเฉพาะกิจขึ้นเป็น “ศูนย์” ซึ่งเป็นสถานภาพที่ถาวรเรียกว่า “ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย” เมื่อวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2541 

พัฒนาองค์ความรู้กระบวนวิธีและบริการที่เกี่ยวกับเอดส์ ทั้งด้านการแพทย์และสังคม ซึ่งเหมาะสมจำเป็นสำหรับสภาพเศรษฐกิจ และสังคมไทย โดยอาศัยขบวนการวิจัย และโครงการนำร่องที่กระทำอย่างเป็นระบบ

เป็นที่ปรึกษา และถ่ายทอดองค์ความรู้ และประสบการณ์ทำให้เกิดประโยชน์กับทุกภาคส่วนของประเทศและประเทศในภูมิภาคร่วมมือกับภาครัฐและเอกชน ทั้งภายในและภายนอกประเทศเพื่อลดผลกระทบอันเกิดจากเอดส์